护国寺始建于明万历年间,初为道教“玄帝宫”。天启二年(1662年)毁于战乱,建殿道人不知所往。天启四年,海玉又名“不昧”,俗姓金安徽人,原为明朝将军。经其苦心经营十余年,寺宇初具规模,是为丹霞山开山之祖。崇祯十一年(1638年),大地理学家,旅游探险家徐霞客亲临丹霞山考察。在影修和尚的陪同下,徐霞客考察了此地的山川、河流、人文、交通等情况,并将这些资料一一载入《徐霞客游记》,大大提高了丹霞山在全国的知明度。
清乾隆四十六年常怡大和尚在此初开戒坛;光绪三十年光一大和尚继之开坛传戒,弘扬佛法;光绪三十二年圣融大和尚在京得光绪皇帝御赐全部藏经、袈裟、玉印、金钵。光绪皇帝还御封“黔之盘州丹霞山为西南护国丛林”,由此得名“护国寺”。光绪年间、果倧、常向曾兼任贵阳黔灵山寺、昆明筇竹寺、宜良法明寺的方丈,可谓盛极一时。
民国二十九年(1940年),修园大和尚丹霞开坛传戒。同时还举行了49天的水陆大斋,以超度前方抗日阵亡将士。此次佛事,有虚云、印光等13个省7个市的65位大德高僧参加,为丹霞山寺以来最盛大的佛事活动。
1949年后有众多在护国寺出家的僧人任全国各寺的住持、方丈。其中著名者为洗尘法师,出于丹霞山,后任缅华佛教会创办人,后到美国纽约创建纽约妙觉寺,现为该寺住持。时人称誉护国寺有“高僧倍出”之说。
1958年丹霞林区遭到乱砍监伐。1964年,护国寺不慎失火,殿宇被毁。虽然庙宇无存,但是,当地信众及四方游客上山敬香礼佛依然如故。1981年,当闻法师卓锡于丹霞山,与弟子演慧共同出资重建殿堂。在十分艰难的条件下,建成瓦屋三间,供奉佛像,依靠香客游人的捐助勉强度日。1983年,常闻师徒调往水星寺,丹霞山又陷入无人管理的状态,房舍悉皆毁坏。1985年4月,县政协委员董均荣居士在县政协六届二次会议期间,提交了《修复丹霞山名胜古迹,发展县旅游事业》的让案,倡议修复丹霞山护国寺,得到政府的重视,予以批准重建,并于1986年中秋节正式奠基。
经过几年的建设,护国寺现有山门、弥勒殿、大雄宝殿、玉佛殿、千手观音殿、斋堂、观音堂等建筑。中国佛教会会长赵朴初先生亲笔提写了“丹霞山”、“护国寺”及“大雄宝殿”等匾额。现寺内还有进一步建设丹霞山的计划,在几年之内要逐一解决交通、照明、饮水等方面的问题。
护国寺中除珍藏有光绪皇帝御赐之物外,还有赵以炯、翁同和等人的题匾、楹联、书画等。纽约妙觉寺住持洗尘法师捐助寺内计有玉佛、贴金弥勒佛、地藏菩萨、千手观音及法器等多种。另藏历次传戒所用的黄铜“金刚光明宝戒宏范印”及具有千年历史的《贝叶经》、《贵州省盘县丹霞山莲花峰千佛戒同戒录》等。护国寺的名胜古迹有:
丹霞山玉佛寺。护国寺玉佛殿内供坐式玉佛一尊,卧式玉佛一尊,有“玉佛林”之称。这些玉佛为国内及缅甸、美国佛教界所馈赠,神态安祥,妙相庄严,堪称佛雕中的精品。
隆普墓塔。隆普在大师同丹霞山第十二代法嗣,圆寂后全寺僧众为其立墓塔一座,高五层,塔前有《隆普生平事略碑》。墓塔座下为灵柩停放处,以五面料石起供,修成地下秘室。柩前置大锅一口,盛香油三百余斤,油内置灯芯,加油燃灯后即行封闭,名为“长明灯”。此灯须年年添油。“文革”中墓塔被炸毁,现已修复。
观日楼。民国十五、六年,了凡和尚在中殿水池上修建观日楼,高五层,上悬“南天胜景”匾额。现在筹资予以重建,仍名“观音楼”,登楼可观日出日落的壮丽景色。
梓木洞。位于丹霞山脚,洞长四百多米,钟乳琳琅,怪石嵯峨。现已在洞口修建了石级,引进照明线路,正进一步扩建中`。